基礎生物資訊實務   增修第二版 相關資料參考

*附註：若學術、研究單位人員，需使用國家高速電腦，可洽 http://www.nchc.gov.tw/

申請免費使用。若為學生，可經由教師申請。

第6章

DNA片段組合實例：

假設某實驗室做出某基因之序列片段如下：

ctagcactctgacctagcagtcaacatgaaggctctcattgttctggggcttgtcctcctttctgttacggtccagggcaaggtctttgaaaggtgtgagttggccagaactctgaaaagatt

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ctgggattacaggcgtgagccactgcgcccggccacattcagttcttatcaaagaaataacccagacttaatcttgaatgatacgattatgcccaatattaagtaaaaaatataagaaaaggttat

如何組成1個基因呢？可用http://virus.molsci.org/DNA-assembly/nph-dna-assembly.cgi ：

　

*搜集參考資料的方法可参考： http://www.bioon.com/search/fulltext.htm 

*免費生物醫學類期刊論文： http://www.biomedcentral.com/bmcmolbiol/

*國科會科資中心免費期刋： http://nr.stic.gov.tw/ejournal/STIC-EJS.htm

*國內資料庫： http://sticnet.stic.gov.tw/sticweb/html/main0.php

*國內電子資訊共享聯盟： http://www.stic.gov.tw/fdb/index.html

*生物技術資訊網： http://www.stic.gov.tw/stic/infowww/biotech/index.html

*西文網路免費電子期刊：http://www.lib.ncit.edu.tw/elserial/西文網路免費電子期刊.htm

或 http://www.freemedicaljournals.com/htm/english1.htm 

*對分子生物學尚不熟晰者，請 參考：

用  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Modules/MolBioReview/brief_review.html

註：IUPAC為International Union of Pure and Applied chemistry

　

*生資工具彙整：http://123genomics.homestead.com/files/analysis.html   

或                   http://www.jcbi.ru/EN/programs/gen.shtml 

或                http://www.arabidopsis.org/tools/ 

或             http://genamics.com/software/ 

　

*PAM亦有說法為Accepted Point Mutations字首縮寫的重排PAM(Ausubel, F. M.,et al.,edited.[1999]. Short Protocols In Molecular Biology. 4th edition. p.7-58

*設計primer的軟體http://signal.salk.edu/isectprimers.html 

　

*1個具許多功能的基因分析工具 http://www.bioinformatics.org/JaMBW/

*執行基因標記（annotation）用的工具 http://compbio.ornl.gov/GP3/euk.shtml

*質體基因標記用的工具 http://www.acaclone.com

*各種免費大學生物適用教學資料http://www.bioon.com/cellbio/cellbio_book.htm

*各種免費化學分子結構繪圖工具http://www.bio-soft.net/chemdraw.html

*生物統計計算可用免費軟體 http://members.aol.com/johnp71/javastat.html

及 http://graphpad.com/quickcalcs/PValue1.cfm 及

http://www.stattucino.com/berrie/normal.html 及

 http://www.ruf.rice.edu/~lane/stat_analysis/instructions.html#t 

及 http://www.math.montana.edu/jeff-bin/Rweb1.03/buildModules.cgi （註：此網址功能更多）

及 http://stat-www.berkeley.edu/~stark/Java/SampleDist.htm 

及 http://www.economics.pomona.edu/statsite/SSP.html

*各種生物教學趣味活動網址：

http://science.uniserve.edu.au/school/curric/stage6/biol/prntlife/activs.html#compsim

及 http://www.enchantedlearning.com/label/biology.shtml

*生物教學資料： http://www.internet4classrooms.com/biology.htm 

 http://www.ekcsk12.org/science/scilinks.html

及  http://www.iit.edu/~smile/biolinde.html 

及 http://sciencespot.net/Pages/classbiolsn.html 

及 http://www.eastern.edu/academic/trad_undg/sas/depts/biology/reference.html

8.有關族群遺傳之免費軟體http://www.biology.lsu.edu/general/software.html

Chapter 1--操作練習：

1.將本章下馴各資料庫（藍字超連結）均檢視1遍（每站只花幾秒鐘，絕對不多！）。

國家圖書館資料庫整合查詢：http://readopac.ncl.edu.tw/cgi/searchtest

國科會科資中心：

http://www.lib.ccu.edu.tw/libnews/stic.htm

國內外免費科資網址，可查資料，如：

AGRICOLA -美國農業圖書館網站http://agricola.nal.usda.gov/  、

Links to Phytochemical Resources on the Web -植物化學網路資源http://lsvl.la.asu.edu/psna/links.html 、

Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases -植物化學與人類植物學資料庫http://www.ars-grin.gov/duke/ 、

Biotechnology - an Information Resource -生物技術網路資源http://www.nal.usda.gov/bic/ 、

EcoTox Database System -水陸動植物毒理資料http://www.epa.gov/ecotox/ 、

USDA AMS Standards -美國農業部農產品及食品之標準http://www.ams.usda.gov/standards/ 、

IBIDS Database (Intl. Bibl. Inf. on Dietary Supplements Database) -膳食副食品資料庫查詢,收錄1500種主要期刊,約33萬筆資料http://ods.od.nih.gov/databases/ibids.html 、

TOXNET (Toxicology Data Network) -毒理&致癌物質資料庫，HSDB、CCRIS、Gene-Tox、IRIS http://toxnet.nlm.nih.gov/  、

Occupational Safety and Health Adm. -由美國勞工部製作職業安全與健康資料http://www.osha.gov/  、

Biomed Center - 生物醫學網http://www.sciweb.com/index.cfm 、

國家衛生研究資訊網 - 有中英文醫藥資料庫，限國內非營利機構之醫藥衛生研究與從業人員使用http://hint.nhri.org.tw/ 、

US.Patents美國專利局USPTO網站，有全文http://www.uspto.gov/patft/index.html 、

中華民國專利公報查詢-工總會

http://www.patent.org.tw/userLogin.asp 、

中華民國專利公報查詢 -由智慧財產局查專利資料http://www.tipo.gov.tw/ 、

IBM專利檢索網站http://www.patents.ibm.com 、

Micropatent專利檢索網站http://www.micropat.com/static/index.htm  、

Solvents Database 由NCMS製作化學溶劑之性質、毒性、安全、法規http://solvdb.ncms.org/index.html 、

ChemIndex 可同時查CCINFOweb裡20個資料庫,提供20萬種化學物質資料http://ccinfoweb.ccohs.ca/chemindex/search.html 、

NIST Chemistry Webbook 5000種化合物圖譜與反應物資料http://webbook.nist.gov/chemistry/ 、

WebElements Periodic Table 各種週期表元素的用途及性質與複合物http://www.webelements.com/ 、

DOE Information Bridge美國能源部研究報告網站—報告全文免費http://www.osti.gov/bridge/ 、

FedWorld 美國政府研究計畫網站http://www.fedworld.gov/ 、

食品工業研究所生物資源中心（保存菌種、組織培養細胞）：http://www.bcrc.firdi.org.tw/wwwbcrc/main.jsp 等。

其中Free full text papers on MEDLINE - 免費醫學期刊全文項對讀者價值可能較大，特將其首頁列示（其中有些期刊為出版後1個月、3個月、半年或1年後其中的論文即可免費全文下載，各期刊均自有說明。）：（http://dodd.cmcvellore.ac.in/ftext.htm ）

美國國家醫學圖書館：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

全文檢索資料庫：

若是只要能免費下載全文的資料庫，PubMed建立了一個PubMed Central資料庫；http://www.pubmedcentral.nih.gov/ 將PubMed中能免費下載全文的資料集中於此：

PLOS Biology期刊亦可全文檢索：http://www.plosbiology.org/plosonline/?request=index-html&issn=1545-7885 。

Cell Biology Education期刊亦可全文檢索：http://www.cellbioed.org/ 。

下載格式：

一般論文下載，要用[PDF]（Portable Document Formate）格式，此格式與實際發表在刊物上的論文格式全同，須以[Acrobat Reader]程式下載，若無此程式，可至http://www.adobe.com/products/acrobat/readstep.html 網站免費下載備用。

另有其他免費格式轉換軟體可供選用：http://www.iconv.com/ 。

論文參考資料格式：

寫論文時編參考資料常頭痛時間，其實網路上詳細說明（http://www.aresearchguide.com/12biblio.html ）並有免費為你(妳)編輯論文參考資料(Bibliography、Citations、References)的軟體[強力推薦--對研究生特別有用]：http://citationmachine.net/ （有APA ---American Psychological Association 格式與MLA—Modern Language Association格式）或http://www.oslis.org/secondary/  （有MLA與APA格式）或 http://www.sourceaid.com/signup.asp  （有：APA、MLA、CSE---Council of Science editors、Chicago Manual of Style 四種格式，並可匯列總表，足夠大多數研究生使用）http://biblioscape.com/biblioexpress.htm或 http://bibliographix.com/(基礎試用版免費) 或http://www.easybib.com/ （只有APA格式）或http://www.noodletools.com/noodlebib/index.php （較麻煩） 

2. 試試這些實驗http://www.nyhallsci.org/biochem/interactive_experiments.html第5章 生物分子2級與3D結構軟體之應用

 

操作練習：每題寫心得3分。

1.經由上述說明，應當對如何使用基本的蛋白質結構工具，己具少許瞭解，可試試做下列網頁之練習：http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/bioactivity/ 。

2.下列網站：http://www.imb-jena.de/IMAGE.html 列有甚多有關核苷酸及蛋白質結構的網站，可參考。

3.下列網站：http://cl.sdsc.edu/ce.html亦列有，有關蛋白質結構的網站，可參考。

4.下列網站：http://www.genebee.msu.su/services/annot/basic.html、http://expasy.org/cgi-bin/protscale.pl[多功能]  也可做蛋白質相關特性分析，可試試。

5. 下列網站：http://molbiol.ru/eng/scripts/ 有許多有助工具，可參考試用。

Chapter 11 Questions

操作練習

1.  下列網站：http://www.sanger.ac.uk/Software/亦有許多生資工具，有的在本書中略而未介紹，有興趣可自行探索。

2.  試試http://gslc.genetics.utah.edu/units/biotech/microarray/ 。

3.  此網址可以電腦練習分生實驗(In silico simulation of molecular biology experiments)http://insilico.ehu.es/ 可試試。

4.  看看這個電影http://www.xvivo.net/press/harvard_university.htm?pressVideo=harvard.flv 對細胞內部有更多瞭解。下列網址有更多教學電影：http://www.bio.davidson.edu/Courses/movies.html 。

 

 

Chapter 12 Practice questions

操作練習。

1.  下列網站http://www.progeny2000.com/students/ 可繪家譜圖，可以不用註冊，還可將遺傳特性至多8種追溯，不妨試用。

2.  案例研究教學http://ublib.buffalo.edu/libraries/projects/cases/case.html 。

3.  下列網站http://www.mi-central.org/links/search.html、 http://microbiology.scu.edu.tw/wong/courses/inform/site04.htm# 、列有不少生資工具，可參考。

4.  下列網站http://highered.mcgraw-hill.com/sites/0072437316/student_view0/online_labs.html 有一些生物實驗可在電腦上練習，可選一些適合自已口味的看看。

5.  有空時試試：http://www.accessexcellence.org/AE/mspot/ 。

6.  有空時試試：http://www.hhmi.org/biointeractive/vlabs/index.html、

蛋白質有否糖化可用此軟體測知http://www.glycosciences.de/modeling/pdb2mgif/ 。

　

　計數器