基礎生物資訊實務   增修第二版 相關資料參考

*附註:若學術、研究單位人員,需使用國家高速電腦,可洽 http://www.nchc.gov.tw/

申請免費使用。若為學生,可經由教師申請。

6

DNA片段組合實例:

假設某實驗室做出某基因之序列片段如下:

ctagcactctgacctagcagtcaacatgaaggctctcattgttctggggcttgtcctcctttctgttacggtccagggcaaggtctttgaaaggtgtgagttggccagaactctgaaaagatt

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gggtggcatggagaaatcgttgtcaaaacagagatgtccgtcagtatgttcaaggttgtggagtgtaactccagaattttccttcttcagctcattttgtctctctcacattaagggagta

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tctcgctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcaatctcggctcactgcaacctccacctcccgggttcacgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacg

ggcgcccgccaccacgcccggctaattttttgtatttttagtagagacagggtttcaccgtgttagccaggatggtctcgatctcctgaccttgtgatccacccacctcggcctcccaaagtg

ctgggattacaggcgtgagccactgcgcccggccacattcagttcttatcaaagaaataacccagacttaatcttgaatgatacgattatgcccaatattaagtaaaaaatataagaaaaggttat

如何組成1個基因呢?可用http://virus.molsci.org/DNA-assembly/nph-dna-assembly.cgi

 

*搜集參考資料的方法可謔牷G http://www.bioon.com/search/fulltext.htm 

*免費生物醫學類期刊論文: http://www.biomedcentral.com/bmcmolbiol/

*國科會科資中心免費期陛G http://nr.stic.gov.tw/ejournal/STIC-EJS.htm

*國內資料庫: http://sticnet.stic.gov.tw/sticweb/html/main0.php

*國內電子資訊共享聯盟: http://www.stic.gov.tw/fdb/index.html

*生物技術資訊網: http://www.stic.gov.tw/stic/infowww/biotech/index.html

*西文網路免費電子期刊:http://www.lib.ncit.edu.tw/elserial/西文網路免費電子期刊.htm

或 http://www.freemedicaljournals.com/htm/english1.htm 

*對分子生物學尚不熟者,請 參考:

  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Modules/MolBioReview/brief_review.html

IUPACInternational Union of Pure and Applied chemistry

 

*生資工具彙整:http://123genomics.homestead.com/files/analysis.html   

                   http://www.jcbi.ru/EN/programs/gen.shtml 

                http://www.arabidopsis.org/tools/ 

             http://genamics.com/software/ 

 

*PAM亦有說法為Accepted Point Mutations字首縮寫的重排PAM(Ausubel, F. M.,et al.,edited.[1999]. Short Protocols In Molecular Biology. 4th edition. p.7-58

*設計primer的軟體http://signal.salk.edu/isectprimers.html 

 

*1個具許多功能的基因分析工具 http://www.bioinformatics.org/JaMBW/

*執行基因標記(annotation)用的工具 http://compbio.ornl.gov/GP3/euk.shtml

*質體基因標記用的工具 http://www.acaclone.com

*各種免費大學生物適用教學資料http://www.bioon.com/cellbio/cellbio_book.htm

*各種免費化學分子結構繪圖工具http://www.bio-soft.net/chemdraw.html

*生物統計計算可用免費軟體 http://members.aol.com/johnp71/javastat.html

http://graphpad.com/quickcalcs/PValue1.cfm

http://www.stattucino.com/berrie/normal.html

 http://www.ruf.rice.edu/~lane/stat_analysis/instructions.html#t 

http://www.math.montana.edu/jeff-bin/Rweb1.03/buildModules.cgi (註:此網址功能更多

http://stat-www.berkeley.edu/~stark/Java/SampleDist.htm 

http://www.economics.pomona.edu/statsite/SSP.html

*各種生物教學趣味活動網址:

http://science.uniserve.edu.au/school/curric/stage6/biol/prntlife/activs.html#compsim

http://www.enchantedlearning.com/label/biology.shtml

*生物教學資料: http://www.internet4classrooms.com/biology.htm 

 http://www.ekcsk12.org/science/scilinks.html

  http://www.iit.edu/~smile/biolinde.html 

http://sciencespot.net/Pages/classbiolsn.html 

http://www.eastern.edu/academic/trad_undg/sas/depts/biology/reference.html

8.有關族群遺傳之免費軟體http://www.biology.lsu.edu/general/software.html

Chapter 1--操作練習:

1.將本章下馴各資料庫(藍字超連結)均檢視1每站只花幾秒鐘,絕對不多!)。

國家圖書館資料庫整合查詢:http://readopac.ncl.edu.tw/cgi/searchtest

國科會科資中心:

http://www.lib.ccu.edu.tw/libnews/stic.htm

國內外免費科資網址,可查資料,如:

AGRICOLA -美國農業圖書館網站http://agricola.nal.usda.gov/ 

Links to Phytochemical Resources on the Web -植物化學網路資源http://lsvl.la.asu.edu/psna/links.html

Dr. Duke's Phytochemical and Ethnobotanical Databases -植物化學與人類植物學資料庫http://www.ars-grin.gov/duke/

Biotechnology - an Information Resource -生物技術網路資源http://www.nal.usda.gov/bic/

EcoTox Database System -水陸動植物毒理資料http://www.epa.gov/ecotox/

USDA AMS Standards -美國農業部農產品及食品之標準http://www.ams.usda.gov/standards/

IBIDS Database (Intl. Bibl. Inf. on Dietary Supplements Database) -膳食副食品資料庫查詢,收錄1500種主要期刊,約33萬筆資料http://ods.od.nih.gov/databases/ibids.html

TOXNET (Toxicology Data Network) -毒理&致癌物質資料庫,HSDB、CCRIS、Gene-Tox、IRIS http://toxnet.nlm.nih.gov/ 

Occupational Safety and Health Adm. -由美國勞工部製作職業安全與健康資料http://www.osha.gov/ 

Biomed Center - 生物醫學網http://www.sciweb.com/index.cfm

國家衛生研究資訊網 - 有中英文醫藥資料庫,限國內非營利機構之醫藥衛生研究與從業人員使用http://hint.nhri.org.tw/

US.Patents美國專利局USPTO網站,有全文http://www.uspto.gov/patft/index.html

中華民國專利公報查詢-工總會

http://www.patent.org.tw/userLogin.asp

中華民國專利公報查詢 -由智慧財產局查專利資料http://www.tipo.gov.tw/

IBM專利檢索網站http://www.patents.ibm.com

Micropatent專利檢索網站http://www.micropat.com/static/index.htm 

Solvents Database 由NCMS製作化學溶劑之性質、毒性、安全、法規http://solvdb.ncms.org/index.html

ChemIndex 可同時查CCINFOweb裡20個資料庫,提供20萬種化學物質資料http://ccinfoweb.ccohs.ca/chemindex/search.html

NIST Chemistry Webbook 5000種化合物圖譜與反應物資料http://webbook.nist.gov/chemistry/

WebElements Periodic Table 各種週期表元素的用途及性質與複合物http://www.webelements.com/

DOE Information Bridge美國能源部研究報告網站報告全文免費http://www.osti.gov/bridge/

FedWorld 美國政府研究計畫網站http://www.fedworld.gov/

食品工業研究所生物資源中心(保存菌種、組織培養細胞):http://www.bcrc.firdi.org.tw/wwwbcrc/main.jsp 等。

其中Free full text papers on MEDLINE - 免費醫學期刊全文項對讀者價值可能較大,將其首頁列示其中有些期刊為出版後1個月、3個月、半年或1年後其中的論文即可免費全文下載,各期刊均自有說明。):http://dodd.cmcvellore.ac.in/ftext.htm

美國國家醫學圖書館:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

全文檢索資料庫:

若是只要能免費下載全文的資料庫,PubMed建立了一個PubMed Central資料庫;http://www.pubmedcentral.nih.gov/ PubMed中能免費下載全文的資料集中於此:

PLOS Biology期刊亦可全文檢索:http://www.plosbiology.org/plosonline/?request=index-html&issn=1545-7885

Cell Biology Education期刊亦可全文檢索:http://www.cellbioed.org/

下載格式:

一般論文下載,要用[PDF]Portable Document Formate)格式,此格式與實際發表在刊物上的論文格式全同,須以[Acrobat Reader]程式下載,若無此程式,可至http://www.adobe.com/products/acrobat/readstep.html 網站免費下載備用。

另有其他免費格式轉換軟體可供選用:http://www.iconv.com/

論文參考資料格式:

寫論文時編參考資料常頭痛時間,其實網路上詳細說明http://www.aresearchguide.com/12biblio.html 並有免費為你()編輯論文參考資料(BibliographyCitationsReferences)的軟體[強力推薦--對研究生特別有用]http://citationmachine.net/ (有APA ---American Psychological Association 格式與MLAModern Language Association格式)或http://www.oslis.org/secondary/  (有MLAAPA格式)或 http://www.sourceaid.com/signup.asp  有:APAMLACSE---Council of Science editorsChicago Manual of Style 四種格式,並可匯列總表,足夠大多數研究生使用http://biblioscape.com/biblioexpress.htmhttp://bibliographix.com/(基礎試用版免費http://www.easybib.com/ (只有APA格式)或http://www.noodletools.com/noodlebib/index.php (較麻煩) 

2. 試試這些實驗http://www.nyhallsci.org/biochem/interactive_experiments.html5章 生物分子2級與3D結構軟體之應用

 

操作練習:每題寫心得3分。

1.經由上述說明,應當對如何使用基本的蛋白質結構工具,己具少許瞭解,可試試做下列網頁之練習:http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/bioactivity/

2.下列網站:http://www.imb-jena.de/IMAGE.html 列有甚多有關核苷酸及蛋白質結構的網站,可參考。

3.下列網站:http://cl.sdsc.edu/ce.html亦列有,有關蛋白質結構的網站,可參考。

4.下列網站:http://www.genebee.msu.su/services/annot/basic.htmlhttp://expasy.org/cgi-bin/protscale.pl[多功能]  也可做蛋白質相關特性分析,可試試。

5. 下列網站:http://molbiol.ru/eng/scripts/ 有許多有助工具,可參考試用。

Chapter 11 Questions

操作練習

1.  下列網站:http://www.sanger.ac.uk/Software/亦有許多生資工具,有的在本書中略而未介紹,有興趣可自行探索。

2.  試試http://gslc.genetics.utah.edu/units/biotech/microarray/

3.  此網址可以電腦練習分生實驗(In silico simulation of molecular biology experiments)http://insilico.ehu.es/ 可試試。

4.  看看這個電影http://www.xvivo.net/press/harvard_university.htm?pressVideo=harvard.flv 對細胞內部有更多瞭解。下列網址有更多教學電影:http://www.bio.davidson.edu/Courses/movies.html

 

 

Chapter 12 Practice questions

操作練習

1.  下列網站http://www.progeny2000.com/students/ 可繪家譜圖,可以不用註冊,還可將遺傳特性至多8種追溯,不妨試用。

2.  案例研究教學http://ublib.buffalo.edu/libraries/projects/cases/case.html

3.  下列網站http://www.mi-central.org/links/search.htmlhttp://microbiology.scu.edu.tw/wong/courses/inform/site04.htm# 、列有不少生資工具,可參考。

4.  下列網站http://highered.mcgraw-hill.com/sites/0072437316/student_view0/online_labs.html 有一些生物實驗可在電腦上練習,可選一些適合自已口味的看看。

5.  有空時試試:http://www.accessexcellence.org/AE/mspot/

6.  有空時試試:http://www.hhmi.org/biointeractive/vlabs/index.html

蛋白質有否糖化可用此軟體測知http://www.glycosciences.de/modeling/pdb2mgif/

 

 計數器